全外显子组分析报告

MegaBOLT v2.3.0.0_release

1.基本信息

质控结果

Sample sample
Read长度 100:100
原始Read数 60,000,000
Clean Read数 59,207,022
Clean Read比例 98.68%
原始Read Q20 94.07%
原始Read1 Q20 97.85%
原始Read2 Q20 90.29%
原始Read Q30 84.31%
原始Read1 Q30 91.39%
原始Read2 Q30 77.23%
原始Read GC比例 47.48%
Clean Read Q20 94.16%
Clean Read1 Q20 97.89%
Clean Read2 Q20 90.44%
Clean Read Q30 84.41%
Clean Read1 Q30 91.44%
Clean Read2 Q30 77.38%
Clean Read GC比例 47.58%
Read1 AT分离比例 0.10%
Read2 AT分离比例 0.90%
Read1 GC分离比例 0.60%
Read2 GC分离比例 0.80%

碱基分布

碱基质量分布

2.比对信息

比对结果

Sample sample
比对率 99.79%
PE比对率 99.73%
唯一序列比例 89.93%
重复序列比例 4.79%
错配率 0.77%
嵌合率 0.38%
插入片段 378.3
Read水平捕获率 60.04%
碱基水平捕获率 49.97%
平均测序深度(去除重复) 47.44
覆盖度(>=1X) 99.40%
覆盖度(>=2X) 98.94%
覆盖度(>=3X) 98.41%
覆盖度(>=4X) 97.78%
覆盖度(>=5X) 97.06%
覆盖度(>=10X) 92.16%
覆盖度(>=20X) 77.36%
覆盖度(>=30X) 60.52%
覆盖度(>=100X) 8.21%
覆盖度均一性(>0.2f) 92.16%
FOLD_80_BASE_PENALTY 2.742

插入片段

深度分布

3.变异检测

变异统计

Sample sample
SNP个数 49,971
dbSNP比例 99.78%
未知SNP 112
未知SNP比例 0.22%
Ti/Tv 2.48
INDEL个数 6,001
dbINDEL比例 98.2%