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上新 | 抗击流感,华大智造首推:基于MGISEQ-200RS的呼吸道微生物基因组测序

时间:2022-06-24作者:华大智造阅读数:4289分享

“新冠肺炎疫情下,流感依然需要被关注。最新流感监测报告显示,我国南方省份流感阳性率持续上升,以A(H3N2)亚型流感病毒为主。”中国疾控中心国家流感中心主任王大燕提醒,全球多地区出现新型冠状病毒、流感病毒共同流行的状况,各地流感优势株交替流行,这也意味着我们要重视对病毒变异进行监测,加强联防联控。——摘自“2022季节性流感防控策略学术交流会”


作为较易发生突变、而且传染性较强的高发病率病毒,流感病毒不仅与普通感冒难以分辨,还会与新型冠状病毒的交叉流行带来叠加效应负担。利用高通量测序技术对流感病毒变异进行追踪,对新型流感病毒做出预警,对流感流行趋势进行监测非常重要。目前正值我国南方夏季流感高发期,华大智造于近日正式推出基于MGISEQ-200RS基因测序仪的呼吸道微生物基因组测序产品组合(含MGIEasy呼吸道微生物基因组建库试剂盒套装和MGI FluTrack基础分析系统),助力抗击流感,减轻新冠防控压力。

图1:基于MGISEQ-200RS平台的呼吸道微生物基因组测序


其中,MGIEasy呼吸道微生物基因组建库试剂盒套装采用华大智造ATOPlex多重PCR技术开发而成,能够对甲型流感和乙型流感病毒全基因组8个片段进行高效地扩增和文库制备;搭配装载在华大智造生信分析加速模块MegaBOLT服务器上的MGI FluTrack基础分析系统,在MGISEQ-200RS基因测序仪上,能够实现对流感病毒的分型、基因组组装和溯源研究。



图2:流感病毒全基因组的 8个片段



性能展示

>>性能测试

>Round 01  基因组覆盖度高,检测灵敏度高性能测试


图3 不同浓度流感样本基因组覆盖度


  • 样本类型
不同浓度(500拷贝,1000拷贝,10000拷贝)的甲流标准品和乙流标准品。
  • 测评方案
采用MGIEasy呼吸道微生物基因组建库试剂盒套装对6个样本进行文库构建,在MGISEQ-200RS上进行测序,然后采用MGI FluTrack进行数据处理,对样本全基因组的8个片段进行对比。
  • 测评结果

包括浓度为500拷贝在内的6个样本的每个片段基因组覆盖度均超过95%,表现出优异的基因组测序覆盖度。



图4a 甲流样本基因组覆盖度


图4b 乙流样本基因组覆盖度


  • 样本类型

5例梯度稀释的甲型和乙型流感病毒RNA样本,Ct值从23到37不等。

  • 测评方案

采用MGIEasy呼吸道微生物基因组建库试剂盒套装对样本进行文库构建,在MGISEQ-200RS上进行测序,然后采用MGI FluTrack进行数据处理,对样本全基因组进行对比。

  • 测评结果

对不同Ct值的样本进行片段覆盖度的对比。随着样本Ct值升高,病毒载量降低,测序覆盖度也会下降,对比结果显示:针对Ct值<34的甲流样本(图4a)和Ct值<32的乙流样本(图4b),采用华大智造呼吸道微生物基因组测序获得的片段覆盖度基本在100%,可检测出完整的流感病毒基因组。


>Round 02  与RT-PCR检测结果一致性好


图5 真实样本测序与RT-PCR结果对照


  • 样本类型

16例鼻咽拭子样本(真实样本,仅用于科研),Ct值从25到38不等。

  • 测评方案

采用华大智造自动化设备MGISP-100RS建库仪、MGISEQ-200RS基因测序仪和第三方厂商的PCR仪,分别对测试样本进行文库制备,高通量测序和RT-PCR检测。

  • 测评结果

采用华大智造呼吸道微生物基因组测序产品获得的结果与RT-PCR结果完全一致,而且对于Ct值大于32的样本也能够准确地识别出病毒型别。


综上,采用由华大智造推出的呼吸道微生物基因组测序产品组合,能够对样本进行精准的流感病毒亚型识别,可以获得完整的流感病毒基因组序列,有助于疾控部门或科研机构对流感病毒的追踪和溯源等工作的高效开展和快速推动。


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