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内地首例!华大智造DNBSEQ-G99助力中国疾控中心完成重庆输入性猴痘病例病毒溯源

时间:2022-09-20作者:华大智造阅读数:783分享

目前,在中非和西非以外的多个非流行国家发现了许多猴痘病例,并且频繁发生人传人。世界卫生组织已于7月23日宣布猴痘为国际关注的突发公共卫生事件(PHEIC)。被忽视的人畜共患病猴痘再次成为全球关注的焦点,中国为防止猴痘病毒输入和传播敲响了警钟并于2022年7月1日发布了中国猴痘防治技术指南,实现早发现、早报告、早隔离、早治疗,进一步加强对来自流行区的旅客和移民进行症状监测,控制猴痘病毒人传人。


9月19日,《中国疾病预防控制中心周报(China CDC Weekly)》公布中国内地首例输入性猴痘病例相关信息:一名中国籍男子在9月14日回国,被重庆市疾控中心确定为猴痘疑似病例。该男子此前曾出现喉咙干燥发痒,发烧,右脚踝出现红色皮疹和脓疱等症状。



9月16日,采集的该男子的临床样本被送往中国疾病预防控制中心,进行了qPCR检测,并基于华大智造最新款基因测序仪DNBSEQ-G99等设备完成了全基因组测序。基因测序结果表明,该男子所感染的猴痘病毒(China-CQ202209) 属于西非株的B.1分枝,和重庆疾控中心测序结果高度一致,并且与2022年6月21号在德国发现的毒株 (GISAID ID: EPI_ISL_13889435)高度同源。这些结果确认了该病例为中国内地首例输入性猴痘病例,同时也是中国报道的第5例人感染猴痘病毒病例。其他几例输入性人感染猴痘病毒的病例分别报道于中国台湾和中国香港特别行政区。



值得一提的是,华大智造基于全新技术打造的最新款基因测序仪DNBSEQ-G99,助力此次溯源测序在短时间内得到了高度可信的毒株序列全长。面对qPCR检测Ct值为21左右的样本时,三种不同读长宏基因组测序统计猴痘病毒特异性reads平均约占0.35%。分析结果显示在读长为SE40时,猴痘病毒基因组平均深度约为35X;SE100时,其平均深度约为110X;PE100时,其平均深度约为200X,100X以上覆盖度大于99.03%。



DNBSEQ-G99通过高密度三角形矩阵的载片、秒级极速的生化反应、紧密排布的流体系统、超高分辨率光学系统、比PCR仪快2倍的温控系统等多个核心系统的集成,实现了对测序效率、质量和交付能力的极致提升。同时,DNBSEQ-G99的多时点数据输出模式(bioanalysis by sequencing, BBS),可进一步缩短交付时间,最快在测序开始后的2.5小时内获得第一批下机数据,在极致快速的基础上更快一步,且测序读长不受限,更加适用于公卫系统紧急多元的检测场景。此次猴痘病毒溯源采用的正是DNBSEQ-G99的BBS模式,在实验全流程第9小时获得第一批下机结果,助力疾控系统应急溯源能力进一步提升,更高效地为快速制定相应防疫政策提供科学依据。



针对新发未知病原体的快速识别和溯源需求,华大智造基于自主研发的试剂、仪器和软件打造了病原微生物高通量测序产品组合,覆盖从样本到报告输出全流程,是猴痘病毒识别和溯源的理想工具。该产品组合可兼容DNBSEQ-G99、DNBSEQ-E25、MGISEQ-200和MGISEQ-2000四款测序仪, 文库制备与数据分析均实现了自动化操作。华大智造独有的DNBSEQ技术,为病原体的识别和溯源保障高质量的测序数据。

作为全球少数能自主研发和量产临床级测序仪的高端制造商之一,华大智造的基因测序仪、实验室自动化设备、实验室管理系统等生命科技核心工具已驰援全球80余个国家和地区的抗击新冠疫情防控一线,全面助力各地疫情防控和病毒溯源,为应对突发疫情提供强有力的工具支撑。针对突发的猴痘疫情,华大智造DNBSEQ-G99可助力在11.5-16小时*内完成猴痘病毒样本的文库制备、测序和组装分析全流程。为进一步提升猴痘病毒溯源的准确性,华大智造针对猴痘病毒基于ATOPlex平台定制化设计多重PCR panel(ATOPlex MPXV)正在适配更多的毒株,用于猴痘病毒的快速鉴定和溯源。


秉承“创新智造引领生命科技”的理念,在公共卫生应用领域,华大智造将持续致力于满足病原微生物全基因组测序、靶向测序和宏基因组测序全流程等应用场景的需求,为公共卫生事件的监测和预警提供更自动、更便捷、更高效的国产化核心工具。


*根据不同的测序策略选择