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华大智造支持非洲生物基因组项目开展首个植物物种测序

时间:2023-09-13作者:华大智造阅读数:2602分享

9月13日,华大智造宣布其DNBSEQ-G400(该产品在境内销售名称为MGISEQ-2000)高通量基因测序平台以及无分隔长片段stLFR(single tube long fragment reads)技术将支持非洲生物基因组项目(African BioGenome Project) 开展首个植物物种的测序工作,促进非洲大陆生物多样性保护和经济社会及科学进步。


据了解,非洲生物基因组项目于2021年正式启动,隶属于地球生物基因组计划(EBP),也是万种植物基因组计划(10KP)的合作项目。该项目计划对当地105,000个特有物种,包括植物、动物、真菌、原生生物和其他真核生物等基因组进行测序,由109名非洲科学家(其中87人在非洲工作)和22个非洲组织共同开展。


作为非洲生物基因组项目的设备供应商,华大智造为来自基因组学、生物信息学、生物多样性和农业领域的非洲研究人员和决策者构建非洲特有物种的参考基因组提供前沿的测序技术平台,助力动植物育种者创建有韧性、可持续的粮食系统。同时这项工作将为改善非洲公共卫生,加强农业水平,保护生物多样性提供可靠的信息支撑。



SAMRC基因组学平台主任Craig Kinnear教授(中)及团队科学家


南非医学研究理事会 (SAMRC) 基因组学平台主任Craig Kinnear教授说: “近年来,伴随着先进技术的日益涌现,植物基因组学在保护植物物种多样性方面发挥着至关重要的作用。感谢华大智造创新工具和南非医学研究理事会的支持,让我们能够立足非洲,造福非洲,向着组建非洲动植物参考基因组库的目标更近了一步。”


华大智造欧非区负责人侯勇博士表示:“我们很自豪地看到南非医学研究理事会(SAMRC)的团队利用华大智造的核心技术对非洲生物基因组项目的首批植物物种进行测序。这是我们高效创新的stLFR技术在非洲的首次应用,我们期待着此技术让当地更多的科学家和研究人员受益,推进基因组学研究。”




值得一提的是,9月12日Nature Biotechnology发文报道了非洲生物基因组项目开放研究院(African BioGenome Project (AfricaBP) Open Institute for Genomics and Bioinformatics)的成功实施。这一开创性的基因组和生物信息学知识交流平台由非洲生物基因组项目与非洲当地机构共同策划,旨在为全非洲建立可公开访问的线上研讨会平台,通过开展生物多样性基因组学和生物信息学课程,增进非洲科学家间的学术交流。




非洲生物基因组项目创始人、联合主席、英国剑桥大学临床医学院生物信息学家ThankGod Echezona Ebenezer博士表示:“自非洲大陆自由贸易协定(AfCTA)生效后,及时建立非洲基因组学和生物信息学开放研究所具有重要意义。有了这样一个信息共享交流平台,非洲国家级科学机构、本土和国际合作伙伴及各组织都可以通过对此平台的支持,来为建立联合的基因组和生物信息学基础设施,推动非洲生物经济的可持续发展做出贡献。”



非洲各地科学家自主申请并参加Open Institute 南非研讨会合影留念


8月21日至25日,Open Institute在非洲南部举办了为期5天的研讨会,华大智造作为主要赞助商之一,在南非比勒陀利亚农业研究理事会(ARC)的生物技术平台上向科学家们展示了如何利用最新的stLFR和DNBSEQ技术构建高质量的参考基因组。10月9日至10日,华大智造还将在摩洛哥举办的北非研讨会上进行展示。




参加Open Institute 南非研讨会的科学家们


华大智造自主研发的stLFR(无分隔长片段)技术基于独有的DNA分子共标签技术,通过将来源于同一DNA长片段的短读测序片段标记上相同分子标签,可基于高精度短读测序获取横跨 300kb 基因组区域的信息。结合华大智造核心DNBSEQ测序技术,stLFR技术能够实现高质量变异检测,二倍体基因组定相,结构变异解析和基因组从头组装等应用。




stLFR 技术适用于多种应用方向,包括遗传疾病和癌症研究,孕前或产前基因检测,农业育种研究和宏基因组分析等。在动植物基因组研究方面,stLFR 可实现高质量的全基因组组装,仅需少量的起始 DNA 样本 (<10ng) 便可达到scaffold N50 > 106bp 水平。目前基于华大智造stLFR 技术累计发表的高质量文章超过50篇,文章发表于包括 Nucleic Acids Research, Nature ecology & evolution, Genome Research等顶级期刊。




未来,华大智造将持续打造创新的生命数字化产品,加速基因组测序进程,加强推进多样性物种研究和保护的承诺。

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