基因组从头测序（de novo sequencing）主要针对基因组序列未知或基因组组装不理想的物种，构建不同类型的DNA文库并测序，使用生物信息学方法对序列进行组装和注释，从而获得该物种完整的基因组序列信息。

全基因组关联分析（Genome-wide association studies，GWAS）是利用特定群体中每个个体的全基因组的分子标记，基于标记与目标基因的连锁不平衡关系（linkage disequilibrium, LD），结合表型信息，通过关联分析，获得与表型性状关联的候选基因或基因组区域的研究方法。

遗传图谱（Genetic map）是通过测序和基因分型得到分子标记，并通过重组率的计算获得反映分子标记在染色体上的排列顺序与相对距离的线形图。

随着基因组技术的发展，分子标记辅助选择 (MAS)和全基因组选择（Genomic selection，GS）在动植物育种中得到广泛的应用，分子标记辅助选择使用与目标表型关联的分子标记信息结合传统系谱信息进行优势个体的预测和选择。全基因组选择是分子标记辅助选择的升级，它利用全基因组的SNP分型信息计算并筛选优势个体，不依赖系谱记录和表型信息，不需要先定位QTL，可以实现个体早期选择，缩短世代间隔，提高农业育种的效率。