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华大智造
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农业
农业基因组学是研究基因组学技术在农业领域应用的学科,以达到促进作物和畜禽的遗传改良的目的。华大智造致力于为农业科学家和育种工作者提供高品质、便捷、稳定的农业基因组研究解决方案,覆盖基因组组装、目标基因挖掘、分子标记辅助育种、全基因组选择等细分方向。通过成本可控的分子育种工具,提高育种效率,助力农业产业提升。
MGI提供多种农业基因组学应用
基因组de novo测序
基因组从头测序(de novo sequencing)主要针对基因组序列未知或基因组组装不理想的物种,构建不同类型的DNA文库并测序,使用生物信息学方法对序列进行组装和注释,从而获得该物种完整的基因组序列信息。
动植物GWAS研究
全基因组关联分析(Genome-wide association studies,GWAS)是利用特定群体中每个个体的全基因组的分子标记,基于标记与目标基因的连锁不平衡关系(linkage disequilibrium, LD),结合表型信息,通过关联分析,获得与表型性状关联的候选基因或基因组区域的研究方法。
动植物遗传图谱
遗传图谱(Genetic map)是通过测序和基因分型得到分子标记,并通过重组率的计算获得反映分子标记在染色体上的排列顺序与相对距离的线形图。
动植物遗传育种
随着基因组技术的发展,分子标记辅助选择 (MAS)和全基因组选择(Genomic selection,GS)在动植物育种中得到广泛的应用,分子标记辅助选择使用与目标表型关联的分子标记信息结合传统系谱信息进行优势个体的预测和选择。全基因组选择是分子标记辅助选择的升级,它利用全基因组的SNP分型信息计算并筛选优势个体,不依赖系谱记录和表型信息,不需要先定位QTL,可以实现个体早期选择,缩短世代间隔,提高农业育种的效率。
MGISEQ-2000
为农业基因组研究提供了经济简便且可靠的测序方案。
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MGI 农业基因组学全流程
样本制备
MGISP-100自动化样本制备系统是由华大智造自主研发的一款专注于二代测序领域的自动化工作站。采用自动化的操作,可对样本进行批量操作,省去繁琐的重复步骤,提高NGS文库制备的稳定性,降低总成本,全面提升实验室整体工作效率。
测序
MGISEQ-2000系列产品包括MGISEQ-2000 和 MGISEQ-2000RS FAST,该系列产品采用全新的载片系统,能够灵活支持多种不同的测序模式,并采用优化设计的光学及生化系统,能够在较短时间内完成完整的测序流程,带给使用者更加精简流畅的测序体验。
数据分析
MegaBOLT生信分析加速器是华大智造自研的一款专注于二代测序领域的生物信息分析硬件加速系统。主要支持全基因组(WGS)及全外显子组(WES)的分析在速度上与传统GATK流程有20倍的飞跃,主要具有快速、集成、易用、经济的特点,重点解决生物信息计算分析慢、调度烦、使用难、计算贵四大难题。
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相关材料
参考文献
Choy KW, Wang H, Shi M, et al. Prenatal Diagnosis of Fetuses with Increased Nuchal Translucency by Genome Sequencing Analysis. Genomics; 2019. doi:10.1101/667311
Liu H, Lan T, Fang D, et al. Chromosome Level Draft Genomes of the Fall Armyworm, Spodoptera Frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae), an Alien Invasive Pest in China. Genomics; 2019. doi:10.1101/671560
参考文献
Senabouth A, Anderson S, Shi Q, et al. Comparative Performance of the BGI and Illumina Sequencing Technology for Single-Cell RNA-Sequencing. Genomics; 2019. doi:10.1101/552588
Soon MSF, Lee HJ, Engel JA, et al. Transcriptome Dynamics Reveals Progressive Transition from Effector to Memory in CD4 + T Cells. Immunology; 2019. doi:10.1101/675967
参考文献
Wu J, Ding X, Hu F, et al. Single Cell RNA Sequencing Reveals Cellular Diversity of Trisomy 21 Retina. Cell Biology; 2019. doi:10.1101/614149
Zhong J, Chen D, Hu F, et al. Single Cell RNA-Seq Reveals Cellular Diversity and Developmental Characteristics of Human Infant Retina. Cell Biology; 2019. doi:10.1101/617555
Gorbachev A, Kulemin N, Naumov V, et al. Comparative Analysis of Novel MGISEQ-2000 Sequencing Platform vs Illumina HiSeq 2500 for Whole-Genome Sequencing. Genomics; 2019. doi:10.1101/577080