您现在的位置: 首页 /  资讯

用户测评丨华大智造G99助力中国科学院水生所探索武汉东湖鱼类多样性监测最佳遗传标记

时间:2024-03-07作者:华大智造阅读数:1287分享

中国生物多样性受到自然生境丧失与破坏、自然资源过度利用、环境污染、外来物种入侵和气候变化等因素的不利影响,生态系统、物种和遗传多样性均呈现不同程度的退化或丧失。因此,需要加快完善生物多样性调查监测技术标准体系,推进调查监测工作标准化和规范化,并统筹衔接各类资源调查监测工作,加强生态保护红线监测,全面推进生物多样性保护优先区域和黄河重点生态区、长江重点生态区、京津冀、近岸海域等重点区域生态系统、重点生物物种及重要生物遗传资源调查。——《中国生物多样性保护战略与行动计划(2023—2030年)》


2023年,中国科学院水生生物研究所联合湖北省生态环境监测中心站,在武汉东湖6个位点分别采集3份水体样本,采用MGIEasy 粪便基因组DNA提取试剂盒对水体滤膜进行eDNA提取,再基于ATOPlex建库试剂通过2步PCR完成文库制备,随后在DNBSEQ-G99平台上耗时仅12小时即完成了测序,最后分析评估了鱼类12S rRNA条形码基因引物Mifish和Metafish的性能,筛选出适用于东湖鱼类多样性监测的遗传标记。该项研究为eDNA宏条形码测序技术应用于东湖鱼类多样性监测和研究奠定了基础。



图1左:采样位点地图;中:采样现场;右:DNBSEQ-G99测序仪


研究结果1

6个不同位点共检测到隶属于16个科、36个属的共51种鱼类,其中有较高比例的鲤科,鲴亚科,鰕虎鱼科和鳢科等。也检出了经济鱼类,如鲤鱼(Cyprinus carpio)、鲢鱼(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙鱼(Hypophthalmichthys nobilis)、鲫鱼(Carassius auratus)等,还检出了入侵物种,如食蚊鱼(Gambusia affinis)。


图2 两套引物检出的物种分布条形图


研究结果2

通过Beta多样性分析和Mantel检验(Bray–Curtis相异性)显示,同一位点采集的不同样本使用Mifish引物检出的物种差异性比使用Metafish引物检出的物种差异性更低,因此,Mifish引物更能准确地反映当地鱼类群落的真实组成,更适合应用于东湖鱼类多样性监测和研究。



图3 非度量多维尺度分析(NMDS) 展示鱼类群落beta多样性


图4 同一采样位点样本之间的 Bray-Curtis 相异性


环境DNA技术是生态环境领域最重要的革命性技术之一,具有非侵入性、灵敏度高、可快速识别大量生物群落和易标准化等特点,越来越多地被应用于淡水生态系统鱼类多样性监测和研究。


目前,华大智造已推出基于DNBSEQ-G99和DNBSEQ-E25的环境DNA宏条形码测序组合产品,覆盖从eDNA提取到报告全流程,能够对环境样本中的生物群落结构进行快速、准确地分析,为生态环境监测与环境科学研究提供工具支撑。当前已赋能湖北、浙江、陕西、深圳等地多家监测单位及科研院校。


未来,华大智造将继续联合行业机构,不断拓展DNBSEQ测序技术在环境监测与科研领域的应用场景,为生态保护提供更强大、更便捷、更高效的自主核心工具。


图5 华大智造环境DNA宏条形码测序组合产品


为了让您更加深入地了解和体验华大智造环境DNA宏条形码测序组合产品,现邀请您扫描下方二维码报名参加华大智造【DNBSEQTM测序技术助力eDNA生物监测】主题体验班。




参考文献

1.Yiwen Li. et al. Water 2024. A Comparative Evaluation of eDNA Metabarcoding Primers in Fish Community Monitoring in the East Lake

2.中国生物多样性保护战略与行动计划 (2023—2030年)

版权所有©2024 深圳华大智造科技股份有限公司 隐私政策法律声明
互联网药品信息服务资格证书[(粤)-非经营性-2024-0050] 粤ICP备16117185号粤公网安备号 44030802000485
本网站使用的cookies
我们希望使用必要的cookies来执行网站运行的基本功能。我们还希望设置分析cookies和广告cookies,通过评估您如何使用我们的网站来帮助我们进行改进。有关在本网站上使用cookies等详细信息,请参阅我们的隐私政策
仅接受必要的cookies接受全部cookies